สมาคมศิษย์เก่า JSPS แห่งประเทศไทย(JAAT) ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ 2010 ในวันฉลองครบรอบ 20 ปี ของ JSPS สำนักงานกรุงเทพฯ ดร.บุษบา ยงค์สมิท อาจารย์คณะวิทยาศาสตร์มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และเป็นประธานสมาคมศิษย์เก่า JSPS แห่งประเทศไทยอีกด้วย ซึ่งท่านได้ดำรงตำแหน่งเป็นวาระที่สองแล้ว ตั้งแต่สมาคมถูกจัดขึ้น

JAAT มาจากสมาคมศิษย์เก่า RONPAKU แห่งประเทศไทย (ARAT) ก่อตั้งขึ้นในเดือนกุมภาพันธ์ ปี2005 สมาชิกประกอบด้วยผู้ที่เคยเข้าร่วมโปรแกรมของ JSPS เช่นทุนดุษฎีบัณฑิตและนักวิจัยที่เคยไปวิจัยกับนักวิจัยต่างประเทศที่ประเทศญี่ปุ่น และโปรแกรมหลักอื่นๆของมหาวิทยาลัย วันที่ 3 กุมภาพันธ์ ปี 2012 ชื่อ JAAT ถูกแก้ไขเพิ่มเติมมาจาก (JAFT) ในการประชุมสามัญครั้งที่3 วัตถุประสงค์ก็เพื่อการจดทะเบียนอย่างเป็นทางการของสมาคมในประเทศไทย ภารกิจของ JAAT คือการเป็นศูนย์กลางสำหรับศิษย์เก่า JSPSในประเทศไทย ทำหน้าที่สนับสนุน ช่วยเหลือ แลกเปลี่ยนความรู้ และบูรณาการเพื่อที่จะก้าวไปสู่กิจกรรมทางวิทยาศาสตร์ที่เพิ่มมากขึ้น ในการพัฒนาประเทศ การเสริมสร้างความสัมพันธ์ระหว่างสถาบันการศึกษาของไทยและญี่ปุ่น ด้วยความช่วยเหลือของ JSPS สำนักงานกรุงเทพฯ ถือเป็นอีกบทบาทสำคัญอย่างหนึ่งของ JAAT

ภารกิจ JAAT คือเป็นการศูนย์กลางให้ข้อมูลสำหรับศิษย์เก่า JSPS ในประเทศไทยทำหน้าที่ให้ข้อมูลแลกเปลี่ยนและบูรณาการ เพื่อที่จะก้าวไปสู่กิจกรรมทางวิทยาศาสตร์ที่จะเพิ่มมากขึ้น ในการพัฒนาประเทศ และช่วยเสริมสร้างความสัมพันธ์ระหว่างสถาบันการศึกษาของไทยและญี่ปุ่น ด้วยความช่วยเหลือของ JSPSสำนักงานกรุงเทพฯ เป็นอีกหนึ่งของบทบาทสำคัญ JAAT

ในปัจจุบัน JAAT มีสมาชิกสามัญประมาณ 80 ท่านและสมาชิกวิสามัญ 9 ท่านนั้นคือคณะกรรมการบริหารสมาคมด้วย ท่านบริหารด้วยความรู้ ความสามารถที่เคยได้รับมา เช่น เคยดำรงตำแหน่งเลขานุการของสมาคมนักบัญชี เป็นต้น การประชุมคณะกรรมการบริหารจะมีขึ้นเป็นประจำทุกปี ร่วมกับผู้อำนวยการ สำนักงานกรุงเทพฯ

ดังที่กล่าวมาข้างต้น JAAT เกิดขึ้นและเติบโตด้วยความร่วมมืออย่างใกล้ชิดกับ JSPS สำนักงาน กรุงเทพฯ ในขณะที่การบริหารเป็นของคณะกรรมการสมาคมศิษย์เก่า JAAT ในการประชุมคณะกรรมการบริหารสมาคมศิษย์เก่าของสมาคม มีการรายงานข้อมูลต่างๆของสมาคมทั่วไป ใน1-2 ปีแรก มีการดำเนินการหลายขั้นตอน ที่จะได้รับการลงทะเบียนเป็นนิติบุคคลเป็นองค์กรอิสระที่ไม่แสวงหาผลกำไร เป็นครั้งแรกที่ JAAT สมาคมศิษย์เก่าJSPS ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ได้มีบทบาทในการเป็นผู้นำ ดำเนินงานร่วมกันได้อย่างลุล่วงไปด้วยดี ร่วมกับสมาคมศิษย์เก่าของภูมิภาคอื่น ๆทั่วโลก